Trefjagler rotþró eru fyrst og fremst notuð til að meðhöndla og hreinsa innlenda skólp. Með tvöföldu ferli líkamlegrar botnfalls (aðskilja sviflausn og fitu) og loftfirrðrar gerjunar (brotna lífræn efni niður í metan/CO₂), draga þau verulega úr COD (efnafræðilegum súrefnisþörf) og innihaldi sjúkdómsvaldandi örvera í skólpi. Byggingarhönnun þeirra (venjulega með því að nota 0,5-1,5 mm trefjaplasthúðunarferli) veitir þjöppunarstyrk sem er meiri en eða jafn og 50MPa og sýru- og basaþol (pH 2-12), sem gerir þau hentug fyrir íbúðarhúsnæði, sjúkrahús og önnur forrit. Þeir geta dregið úr álagi á síðari skólphreinsunarferla um meira en 30%.
